Новый Уголовный кодекс41, принятый 6 июня 2001 г., содержит несколько положений, охраняющих индивидуальную и коллективную свободу религии. Он также содержит необходимые ограничения, налагаемые на проявления свободы религии. В ст. 154 Уголовного кодекса говорится о наказании за вмешательство в вопросы религиозной принадлежности или религиозную деятельность, кроме случаев, когда религиозная принадлежность или деятельность наносит вред нравственности, правам или здоровью других людей или нарушает общественный порядок. Принуждение лица к присоединению или членству в религиозном объединении карается штрафом или тюремным заключением до одного года (Уголовный кодекс, ст. 155). В ст. 152 Уголовного кодекса также предусматривается наказание за нарушение принципа равенства. «Незаконное ограничение прав лица или незаконное предоставление привилегий лицу на основании его или ее ... религии... карается штрафом или тюремным заключением сроком до одного года». Деятельность, ведущая к открытому разжиганию ненависти или насилия по религиозным мотивам карается штрафом или тюремным заключением сроком до 3 лет (Уголовный кодекс, ст. 151).
Новый Уголовный кодекс также ввел в эстонское законодательство концепцию уголовной ответственности для юридических лиц. За определенные преступления религиозная организация может быть подвергнута принудительному роспуску. Основания для этого можно найти в ст. 48(3) Конституции: «Объединения, чьи цели или деятельность противоречат уголовному праву, запрещены».
Новый Уголовно-процессуальный кодекс42, вступивший в силу 1 июля 2004 г., предусматривает право священнослужителей хранить тайну исповеди. Этот кодекс явно пытается найти компромисс между правом подзащитного на справедливый судебный процесс и религиозной свободой священнослужителя. Согласно Кодексу, священнослужители зарегистрированных в Эстонии религиозных организаций имеют право отказаться давать показания в качестве свидетелей в отношении обстоятельств, которые стали известны им в процессе осуществления профессиональной деятельности (ст. 72 Уголовно-процессуального кодекса). То же право, согласно закону, применяется к вспомогательному персоналу служителей. Это право священнослужителей и их вспомогательного священноперсонала ограничивается требованием дачи показаний, если подозреваемый или обвиняемый требует от них дачи таких показаний. Более того, когда суд убежден, что отказ от дачи показаний не связан с исполнением пастырской или профессиональной деятельности вспомогательного персонала, суд может потребовать от лица дачи показаний. Последние положения могут противоречить не только церковному праву, но и ст. 22 АЦК 2002 г.43 В этой статье однозначно заявлено, что священнослужитель не должен раскрывать какую-либо информацию, которая стала ему известна в ходе частной исповеди или пастырской беседы, или личность того, кто совершил частную исповедь или провел пастырскую беседу со священнослужителем. Еще одним аспектом, который стоит здесь отметить, является то, что суд, вынося решение по вопросу о даче показаний, должен толковать такие понятия как «священнослужитель», «вспомогательный персонал» и «имеющий отношение к профессиональной деятельности». Поэтому будущая судебная практика должна определить, насколько самостоятельны сами религиозные организации при определении этих понятий.