После падения коммунистического режима религиозные объединения в Чешских землях стали собственниками большинства церквей и домов причта вместе с приходскими садами, а также собственниками доходов от церковных сборов и накоплений14. До конца 1990 г. государство продолжало платить духовенству пособия, а также оплачивало часть расходов по содержанию церковных управлений и реставрации церковных зданий. Из суммы церковных сборов религиозные объединения платили жалование церковно-служащим и другим светским работникам, оплачивали текущие расходы по содержанию церковных зданий.

Закон о реституции, согласно которому собственность, конфискованная коммунистическим режимом, возвращалась ее бывшим владельцам, не распространялся на все религиозные организации в полном объеме. Вместе с тем, этот Закон обязывал возвращать некоторые религиозные здания религиозным учреждениям с тем, они могли создавать общины, открывать новициаты и возрождать свою деятельность в целом. Законы № 298/1990 БЬ. и 338/1991 8Ь. восстановили права собственности мужских и женских монашеских орденов на 170 домов монашествующих (86 мужских и 84 женских) на территории Чешской Республики. Во многих из них были устроены церковные школы, детские дома, больницы и другие церковные социальные учреждения.

Что касается зданий, которые не состояли на балансе государства и не входили в реестр недвижимости, то некоторые из них были возвращены прежним владельцам посредством административных и юридических мер. На сегодняшний момент леса и сельскохозяйственные угодья, которые были собственностью приходов, приходских церквей и монастырей, не возвращены Католической церкви. Арендуемые дома, некоторые земли и другая национализированная собственность также не были возвращены протестантским церквам. Реституция собственности иудейских общин началась только с принятием Закона № 212/2000 8Ь.
Возвращение церковной финансовой собственности все еще остается открытым вопросом. Специальное постановление 1991 г. запрещает передавать эту собственность другим лицам. Часть этих средств была передана муниципалитетам перед тем, как это постановление вступило в силу, и, таким образом, возвратить эти деньги уже нет никакой возможности. Церкви просят о денежной компенсации, но для решения этого вопроса пока не хватает политической воли.
Государство продолжает выплачивать денежные субсидии религиозным объединениям. Некоторые представители политических кругов связывают решение вопроса о реституции церковной собственности с предварительным условием о прекращении таких субсидий. Большая часть религиозных объединений согласна на это.

Основными источниками дохода религиозных организаций остаются пожертвования и церковные сборы. Нынешняя церковная собственность служит дополнительным финансовым источником лишь в незначительной мере.

Государство и муниципальные власти помогают возмещать расходы на реставрацию некоторых исторических церковных зданий. Вместе с тем из-за недостатка средств религиозные объединения сталкиваются с огромными проблемами, связанными с содержанием не только исторических, но и просто старых и современных зданий.
Церковные школы, преподаватели религиозных курсов в общественных школах, военные капелланы - все это оплачивается государством. Духовное попечительство в тюрьмах только отчасти поддерживается государством. Другим общественным учреждениям власти не выделяют средства на церковную деятельность.