Церкви, особенно Католическая церковь, играют важную роль в бельгийской культурной жизни.
Что касается образования, то по численности католическое образование превосходит государственное. 60% бельгийских учащихся средних школ обучаются в католических школах. Во Фландрии этот показатель равен 75%. Это самый высокий показатель в Западной Европе.
Другие религии также участвуют в образовательной деятельности. Например, иудаизм имеет в этой сфере давнюю традицию. В сентябре 1989 г. начала свою работу первая исламская школа в Бельгии Аль-Джази (Брюссель). По различным причинам многие политики были встревожены этим событием.
Наряду с этим система свободных школ является «официальной» и представляет собой довольно сложную структуру. Со времени конституционной ревизии от 15 июля 1988 г. образование в Бельгии было полностью реорганизовано на уровне общин.

Эта дата знаменует собой важную ступень в эволюции, начавшейся около 1970 г. С 15 июля 1988 г. голландская, французская и немецкая общины в Бельгии организуют собственные школы. Это означает, что все они способны осуществлять CBQIO политику на основе собственного законодательства. Лишь одно объединяет их - это ст. 24 Конституции, которая в сфере образования гарантирует защиту всех идеологических взглядов. Об этом в частности говорится в первой части статьи, где община гарантирует родителям свободу выбора и организует нейтральное обучение (не связанное ни с какой специальной идеологией). Это предполагает уважение философских, идеологических и религиозных взглядов родителей и учеников. Государственные школы предлагают (на период обязательного образования) выбор между изучением одной из признанных религий и изучением нерелигиозной этики. И, согласно ст. 24(3), все школьники обязательного образовательного возраста имеют право на нравственное или религиозное образование, осуществляемое за счет общины.

Такое правовое урегулирование, являющееся на практике результатом политического решения, зафиксированного в так называемом Школьном пакте и в указе о Школьном пакте от 29 мая 1959 г.47, порождает два вида различных проблем. Первая проблема касается содержания занятий по нерелигиозной этике, которые должны, иметь место в случае отказа от религиозных занятий.
Рассматривая дело Слюйса в 1985 г., Государственный Совет принял решение, что никто не может быть принужден посещать занятия по этике, которое объявляет себя неконфессинальным и основанным на идеях «свободомыслия». После того, как образование было передано на уровень общин, схожее судебное решение было вынесено по делу Свидетеля Иеговы Вермеерса, который не хотел посещать религиозные занятия ни одной из шести признанных религий. Согласно решению Государственного Совета, никто не может быть принужден сделать выбор вопреки собственным убеждениям.
Постепенно это привело к увеличению числа требований об освобождении от религиозных занятий и курса нерелигиозной этики. Основным мотивом таких заявлений были не философские и не моральные сомнения, а лишь безразличие. Можно сказать, что Правительство было готово принять решение о всеобщем освобождении от этих занятий. Например, с 8 июля 1992 г. в школах Фландрии решение об освобождении больше не регулируется священнослужителями, а принимается руководством конкретной школы.

На университетском уровне не существует внутренней связи между государственными университетами и преподаванием теологии или исследованиями в этой сфере. Факультет протестантской теологии был создан в 1950 г. Он был признан институтом на университетском уровне в 1963 г.
Институт высших еврейских исследований начал работу в 1959 г. Он был связан с институтом социологии Брюссельского свободного университета (11ЬВ).
С академического 2000-2001 года голландская часть института преобразовалась в новый Институт еврейских исследований Антверпенского университета. Этот новый институт получает финансовую поддержку от фламандской общины.