Религиозное образование является крайне деликатным вопросом, который обсуждается в Эстонии уже продолжительное время. Нынешняя ст. 37 Конституции создает основу цельной школьной системы и предусматривает, среди прочего, что обеспечение образования контролируется государством. Эстонская школьная система включает в себя в основном государственные школы. Таким образом, основным местом проведения религиозного обучения является государственная школа. Законодательство предусматривает и обеспечивает возможность организации религиозного обучения.
В соответствии со ст. 4(4) Закона об образовании25, изучение и преподавание религии в общеобразовательных школах является добровольным и неконфессиональным. В соответствии с Законом об общеобразовательных школах и гимназиях26 сущностью религиозного образования является то, что данный предмет неконфессионален, и учащиеся могут посещать его добровольно (ст. 3(8)). В 1999 г. Парламент
Эстонии внес поправки к Закону . Религиозное образование в школе сейчас обязательно, если, по меньшей мере, пятнадцать учащихся выражают желание посещать такие занятия. До принятия данного положения в большинстве случаев школы не вводили религиозное обучение, даже если некоторые ученики выражали желание изучать религию.
Принципы и темы религиозных занятий определены в учебном плане, одобренном Министерством образования. Религиозные занятия в школе являются предметом, в ходе изучения которого анализируются точки зрения и вклад различных религий в развитие человечества. В начальных классах родители принимают решение о том, будет ли их ребенок посещать занятия по религии. На уровне средней школы учащиеся принимают решение по данному вопросу самостоятельно. Преподаватели, ведущие занятия по религии, должны иметь и религиозное, и педагогическое образование. Конфессиональное обучение организовано для детей, посещающих воскресные школы или церковные школы, находящиеся под управлением конгрегаций.
Имели место дебаты по вопросу о том, должно ли религиозное обучение быть обязательным. В ходе такого обучения учащиеся получат неконфессиональное представление о христианстве и других мировых религиях, они знакомятся с влиянием различных религий на мировую культуру. Вероятно, наиболее важной задачей данного нововведения будет подготовка детей к жизни в многонациональном мире со множеством культур.
Существуют различные факторы, препятствующие реорганизации религиозного образования. Беспокойство вызывает вопрос о защите религиозной свободы учеников и их родителей. Одной из причин сопротивления реорганизации является негативный опыт введения религиозного обучения в государственных школах прошлых лет. Когда религиозное обучение было введено в школах, множество людей, одержимых этой идеей, поспешили заняться преподавательской
деятельностью без педагогического опыта и профессиональных навыков. В некоторых случаях религиозное обучение превращалось в конфессиональное. Нехватка учителей с необходимыми профессиональными и педагогическими навыками для преподавания данного предмета в школах остается острой проблемой и по сей день.

На университетском уровне факультет теологии в университете Тарту существовал с 1632 г., но в 1940 г. советская власть его упразднила. В 1941 г. немецкие оккупационные власти отказали в открытии факультета; однако, они выдали разрешение на учреждение Теологической экзаменационной комиссии при Консистории, предоставляя тем самым учащимся возможность получить степень по теологии. После Второй мировой войны теологическое обучение продолжилось, и экзаменационная комиссия стала Теологическим институтом Эстонской Евангелическо-лютеранской церкви, который действует и по сей день. В 1991 г. факультет теологии был вновь открыт в университете Тарту. В этом университете можно получить высшее теологическое образование, но степень, полученная в нем, автоматически не предоставляет выпускникам права осуществлять деятельность в качестве священнослужителей. Данная ситуация была разрешена в сотрудничестве с Теологическим институтом Евангелическо- лютеранской церкви. Факультет теологии, как часть государственного университета, полностью финансируется из государственного бюджета.