1. Определение, регистрация и юридическая классификация церквей и религиозных общин
В соответствии с законом церкви и религиозные общины определяются как «организованные социальные общины, которые имеют перспективы на продолжительное существование и в которых верующие могут преследовать свои религиозные цели, диктуемые их религией» (ст. 20 ЗРС).
В результате того, что Католическая церковь и другие конфессии подчинены различным правовым системам, способы получения статуса юридического лица различаются. Статус Католической церкви в качестве юридического лица признан путем
подписания договора в соответствии с международным правом
(ст. 1 Конкордата 1940 г. и нового Конкордата 2004 г. ).

Другие церкви и религиозные общины приобретают статус религиозной группы и тем самым, юридическое лицо посредством регистрации (а не признания) в реестре религиозных групп, специальном реестре, созданным на основании Декрета-закона 134/2003 от 28 июня. Регистрация является необязательной. Однако те церкви и религиозные общины, которые желают приобрести статус религиозной группы, должны зарегистрироваться.
Заявления о регистрации могут подавать международные, национальные, региональные и местные церкви и религиозные общины.

Международные церкви и религиозные общины (такие, как шиитские исмаилиты) могут либо зарегистрировать отдельную организацию, которая представляет их верующих в Португалии, либо зарегистрировать ту часть их церкви (или религиозной общины), которая существует в Португалии.
Если церкви и религиозные общины принимают решение о получении регистрации, то они получают дополнительные права: право на преподавание религии и учения о нравственности в государственных (начальных и средних) школах (такие занятия не обязательны); право на получение эфирного времени на государственных теле- и радиоканалах; право быть услышанным в процессе составления планов развития; право на специальные налоговые льготы. Их верующие и священнослужители обладают также некоторыми дополнительными правами.
Среди зарегистрированных церквей и религиозных общин закон разграничивает укоренившиеся и неукоренившиеся церкви.

Церковь (или религиозная община) является укоренившейся, если она присутствует в Португалии в организационной форме в течение по меньшей мере 30 лет, и если предполагается, что она будет укоренившейся, принимая во внимание число ее верующих и ее историю в Португалии. Требование 30- летнего существования в Португалии может быть проигнорировано, если церковь (или религиозная община) докажет, что она была основана за рубежом более 60 лет назад. Статус укоренившейся церкви присваивается Правительством на основании заключения Комиссии по свободе религии.
Другие церкви и религиозные общины не являются укоренившимися.
Статус укоренившейся церкви или религиозной общины является важным фактом, поскольку определенные права и привилегии доступны только этой группе: (1) право совершать имеющие силу бракосочетания по правилам определенной религии; (2) право заключать соглашения с Правительством по вопросам общей заинтересованности; (3) право участвовать в работе Комиссии по свободе религии и в Комиссии по выделению религиозным общинам эфирного времени; (4) возможность получения 0,5% от подоходного налога своих верующих; (5) право получать возврат НДС при определенных обстоятельствах.

При помощи критерия укоренившейся церкви закон предотвращает появление новых религиозных групп, чьи цели и намерения сомнительны, поскольку речь идет о доступе к различным привилегиям и правам - отсутствие этого критерия могло бы спровоцировать появление большого числа искусственных «религиозных» групп.

С другой стороны, согласно этой системе решение о признании церкви или религиозной общины в качестве укоренившейся или только неукоренившейся принимается старейшими - более устойчивыми и надежными - церквами и религиозными общинами, поскольку статус укоренившейся общины зависит от мнения Комиссии по свободе религии, которая состоит из представителей Правительства, Католической церкви и укоренившихся церквей и религиозных общин (ст. 54 ЗРС). Это исключает возможные трудности для Правительства, поскольку его обязанность абсолютной нейтральности в своей основе предотвращает его от дачи разъяснения, что означает «религия». В либеральном толковании нейтралитета при определении того, что является церковью, конфессией и религией, деятельность государства должна быть только вспомогательной и непостоянной. Поэтому рискованное использование классификации при вынесении решения, напр., о том, обладают ли муниты и Христиан- екая наука правом на налоговые льготы, на доступ к государственным школам и т.д., не является задачей Правительства.