В Португалии нет системы государственного финансирования церквей. Однако существуют некоторые механизмы косвенного финансирования посредством щедрого освобождения от основных налогов. И время от времени государство соглашается одобрить и профинансировать, определенные социальные инициативы, в основном, инициативы Католической церкви, такие как выделение средств на строительство значимых церковных зданий.
По Конкордату 1940 г. Католической церкви гарантировалось общее освобождение от местных и национальных налогов, включая налоги на доходы и потребление, гербовый сбор, налоги на недвижимость и т.п. Наиболее щекотливый вопрос в этих положениях касается НДС из-за европейских правил по этому налогу. Для того, чтобы избежать существенных изменений в налоговых льготах для церкви после того, как Португалия ввела НДС, был создан специальный механизм по возвращению суммы этого налога, который взимается в момент приобретения и импорта товаров Католической церковью и ее ассоциированными учреждениями (Декрет-закон № 20/90 от 13 января, с многочисленными поправками). По сравнению с Конкордатом 1940 г. Конкордат 2004 г. оставляет налоговые правила для Католической церкви практически без изменений (ст. 26).37

Между тем ЗРС распространил эти налоговые положения на другие церкви и религиозные общины, хотя и оставил некоторые налоговые льготы для зарегистрированных и укоренившихся церквей и религиозных общин.

Так, все церкви и религиозные общины, какой бы статус они не имели, освобождаются от уплаты всех налогов, если они пользуются услугами или пожертвованиями своих верующих в целях осуществления своих религиозных целей или если они производят сборы денежных пожертвований (ст. 31(1)). Закон, однако, содержит исключение: налог взимается с услуг коммерческого характера, таких как образование, духовные беседы и др. (ст. 31(2)).
Ст. 32(1) ЗРС далее предоставляет зарегистрированным религиозным группам освобождение от налогов, касающихся помещений и зданий, которые в основном или частично используются для осуществления ритуальных действий или в религиозных целях (напр., освобождение от муниципального налога). Более того, ст. 32(2) ЗРС освобождает их от налогов, касающихся сделок по передаче имущества как при жизни лица, так и в результате смерти.
Более того, в некоторых случаях укоренившимся церквам и религиозным общинам возвращается сумма НДС (льгота, которая была предоставлена Католической церкви в 1990 г. в соответствии с упомянутым выше законом) (ст. 65(1) ЗРС). С другой стороны эти укоренившиеся церкви и религиозные общины могут пользоваться другой новаторской налоговой льготой, предоставляемой в соответствии со ст. 32(4) ЗРС: ежегодно такие церкви и религиозные общины могут получать 0,5% от подоходного налога физических лиц (фискальный перевод). Эта льгота, предоставляемая укоренившимся церквам, зависит от различных условий:
(1) церкви или религиозные общины должны подавать заявления о предоставлении этой налоговой льготы, лишаясь при этом права на вышеупомянутый возврат суммы НДС; (2) налогоплательщики должны определенно заявить, что эта часть их налога будет использоваться в религиозных или благотворительных целях (если они не подают такое заявление, государство получит весь налог); (3) налогоплательщик должен выбрать определенную церковь или религиозную общину, которая получит только налоговые отчисления, предназначенные специально для нее.
Суммы, предназначенные налогоплательщиками для каждой церкви или религиозной общины, собираются государством, которое выплачивает их выбранной церкви или религиозной общине.
Стоит отметить, что в качестве альтернативы у налогоплательщиков есть возможность не подавать такого заявления или составлять его в пользу юридических лиц, занимающихся общественно полезной деятельностью благотворительного, пастырского или гуманитарного характера, или в пользу частных учреждений с общественно полезными целями (ст. 32(6) ЗРС).
Два заключительных момента: во-первых, не следует путать этот механизм с церковным налогом, существующим в других системах права; во-вторых, Конкордат 2004 г. позволяет предположить, что этот новый механизм не применяется непосредственно к Католической церкви, но что необходимо заключение отдельного соглашения между государством и церковью в отношении этого пункта (см. ст. 27 Конкордата 2004 г.).