Право на самоопределение - основной принцип взаимоотношений государства и церкви в Литве. Внутренняя автономия религиозных общин гарантирована Конституцией. Ст. 43 говорит о том, что религиозные общины могут свободно осуществлять свою деятельность в соответствии со своими канонами и уставом и имеют право открыто проявлять свои религиозные убеждения, совершать обряды в соответствии со своим вероисповеданием, иметь молитвенные здания, образовательные учреждения для подготовки служителей церкви так, чтобы это не противоречило законам Литвы. В сравнении с Конституцией ЗРОА в большей мере касается организационной структуры религиозных объединений, чем прав осуществления религиозной деятельности. Ст. 7 гласит, что религиозные общины и ассоциации имеют право на самоорганизацию в соответствии с церковной иерархической структурой и на управление внутренней жизнью по своим канонам, уставам и правилам. Право на самоопределение в литовском законодательстве подтверждено предоставлением религиозным общинам и ассоциациям возможности организовывать и осуществлять общественную деятельность, участвовать в благотворительных акциях, вести общеобразовательные и другие виды обучения.
Религиозные общины и ассоциации могут заниматься производственной и экономической деятельностью, книгопечатанием; создавать медицинские, благотворительные учреждения и организации, общественные средства информации (ст. 14,15 ЗРОА). В осуществлении подобной деятельности религиозные общества, согласно гражданскому законодательству выступают как некоммерческие организации. Суверенитет Католической церкви, закрепленный Соглашением между Святым Престолом и Литовской Республикой, касается юридических аспектов взаимоотношений между Католической церковью и государством.
Однако ст. 1(2), провозглашая независимость и автономность церкви и государства, подчеркивает тот факт, что Католическая церковь в осуществлении своей общественной, образовательной и культурной деятельности должна следовать не только каноническим правилам, но и процедурам и правилам, изложенным в государственных законах (ст.4). В ст. 5 государство признает правомерность участия Католической церкви в этой сфере.