Тот факт, что в государстве нет официальной церкви, вовсе не означает, что оно проводит жесткую политику отчуждения от религии. После того, как Эстония стала независимым государством в начале 90-х гг. XX в., исторически доминирующая Евангелическо-лютеранская церковь начала восстанавливать свое положение в обществе и в отношениях с государством, оказывая активное воздействие на правительство и Парламент с целью достижения более привилегированного положения. Согласно Конституции в Эстонии нет государственной религии; действующая Конституция, в частности, утверждает: «Государственная религия отсутствует» (ст. 40). Но отделение церкви (особенно Евангелическо- лютеранской) от государства не было жестко установлено в административной практике; в связи с этим нередко высказывается мнение о том, что в Эстонии государственная религия существует de facto. Несмотря на то, что это - явное преувеличение, Эстонская Евангелическо-лютеранская церковь действительно пользуется некоторыми льготами, получаемыми от государства. В связи с этим возникает вопрос, все ли формы данного взаимодействия допустимы в свете существования конституционных принципов отделения церкви от государства и принципа равного отношения ко всем религиозным сообществам. Наблюдаются и некоторые другие формы привилегированного отношения к христианским церквам. Совет церквей Эстонии, который состоит из 10 христианских церквей20, предпринимает активные действия по установлению взаимоотношений между церковью (церквами) и государством. Государство рассматривает Совет как партнера при принятии решений по вопросам религиозной свободы в Эстонии. Привилегированное положение Совета очевидно и наиболее четко проявляется, наверное, в вопросах финансирования и образования. 17 октября 2002 г. правительство и Совет церквей Эстонии подписали Протокол об общих проблемах. Несмотря на то, что другие религиозные организации, в сущности, имеют право на такое же сотрудничество, ни одной другой религиозной организации до настоящего времени не удавалось установить такие же отношения с государством. Действующее законодательство (АЦК 2002 г.) подвергается критике за навязывание христианской терминологии нехристианским церквам, в особенности в отношении названий, а также за привилегированное отношение к христианским церквам в целом. Нехристианские организации подали петицию Канцлеру права с требованием провести проверку соответствия действующего законодательства Конституции Поправки к данному законодательству уже готовятся Министерством внутренних дел. В соответствии с проектом поправок к АЦК 2002 г., религиозные объединения будут вправе использовать свои исторические названия вместо христианской терминологии, навязываемой АЦК 2002 г.

Говоря об Эстонии, достаточно проблематично определить, в чем причина различного отношения в правовых вопросах к различным религиозным организациям - в определенной социальной необходимости или в сложившейся традиции. Более того, принцип равенства закреплен в первом предложении первого параграфа ст. 12 Конституции Эстонии, согласно которому все граждане равны перед законом. Второй параграф ст. 12 Конституции закрепляет принцип отсутствия дискриминации, запрещающий дискриминацию, в частности, по религиозным убеждениям и вероисповедованию. Так как Конституция защищает как личную, так и коллективную свободу вероисповедания, данные принципы также применяются к религиозным сообществам. Принцип отсутствия дискриминации является особым правом на равенство, и предназначен для защиты религиозных меньшинств. В соответствии со ст. 11 Конституции, «права и свободы могут быть ограничены только в соответствии с Конституцией. Такие ограничения могут быть необходимыми в демократическом обществе, и их наложение не может изменить сущность прав и свобод». Таким образом, каждый случай ограничения прав и свобод, включая общее право на равенство (принцип равенства) и особое право на равенство (принцип отсутствия дискриминации), должен быть обоснован и пройти проверку на соразмерность.